Hochwürden Matthias Jenner stammte aus der angesehenen und wohlhabenden Familie Jenner in Klausen. 1677 wurde er Pfarrer von Klausen. Nach den Baumaßnahmen zur Sicherheit der Pilger in der Hl.-Kreuz-Kirche begann Matthias Jenner ab 1680 mit dem Wiederaufbau Säbens. Dass er auf Säben ein Kloster gründen wollte, hielt Matthias Jenner vorerst noch geheim.

Durch seine guten Kontakte zum Kloster Nonnberg in Salzburg erhielt er die Zusage der dortigen Äbtissin, einige Nonnen nach Säben zu entsenden. Am 27. Februar 1685 war es schließlich so weit: 5 Nonnen aus dem Salzburger Kloster bestiegen zum ersten Male den Säbener Berg.

Etwa 500 Klosterfrauen, darunter 11 Äbtissinen, haben in den gut 300 Jahren von 1685 bis 2021 ihr Leben auf Säben verbracht. Die letzte Äbtissin von 1996 bis 2021 war Mutter Ancilla Hohenegger aus Langtaufers im Vinschgau.

Der Entschluss, das Kloster Säben aufzugeben, fiel im Jahr 2021. Da es keine Neueintritte von jungen Nonnen gab, war an eine sinnvolle Weiterführung der Klostergemeinschaft nicht mehr zu denken.

Eine der Klosterfrauen, Schwester Magdalena Told, ist in die Tiroler Geschichte eingegangen. Während der bayrischen Besatzung Tirols von 1805 bis 1809 hat sie durch ihre Unerschrockenheit das Kloster vor weiterer Verwüstung und Plünderung bewahrt.

Um nicht aufzufallen, kleidete sich Schwester Magdalena heimlich in eine Soldatenuniform und verließ das Kloster. Im Schutze der Nacht ging sie über Villanders und den Ritten bis nach Bozen. Dort wurde sie beim Kommandanten der bayrischen Truppen vorstellig. Sie schilderte ihm die Gräuel der Verwüstung auf Säben und bat ihn, seine Soldaten von Säben abzuberufen. Der Kommandant kam ihrer Bitte tatsächlich nach.

Die Aufhebung des Klosters am 25.August 1808 durch die bayrische Regierung konnte sie jedoch nicht verhindern.